La flora nativa es el conjunto de especies vegetales que se pueden encontrar en una región geográfica o que habitan en un ecosistema determinado, la flora nativa atiende al número de especies mientras que la vegetación hace referencia a la distribución de las especies y la importancia relativa por número de individuos y tamaños, de cada una de ellas. Por tanto, el clima y otros factores ambientales, determinan la existencia de la flora nativa de cada región. Dentro de este mismo contexto de la flora nativa, existe también la flora endémica y son aquellas que se dan únicamente en una región o zona determinada y no existiendo en ningún otro lugar del país ni en el mundo, salvo que ésta sea introducida por el hombre.
Entre las especies que se protegen en Yucatán podemos mencionar:
Palma De Pantano, Despeinada, Ramón, Palo Mulato, Kitinché, Cedro, Ceiba, Uva De Mar, Uva De Playa, Mangle, Ciricote, Anacahuita, Siricote De Playa, Roble, Balché, Zapote, Palma Kuká, Jabín, Mangle Rojo, Huano, Caoba. Palma. Xkanlol, Makulis Morado
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